Die Geschichte des Schlosses reicht mindestens bis ins 14. Jahrhundert zurück, als an dieser Stelle erstmals eine mittelalterliche gotische Feste erwähnt wird, von der sich jedoch weder eine nähere Beschreibung noch Darstellungen erhalten haben. Von der ältesten nachgewiesenen Bausubstanz sind lediglich die Kellergewölbe erhalten geblieben. Im 16. Jahrhundert wurde die Feste abgerissen und durch einen Schlossbau ersetzt. Zu weiteren bedeutenden baulichen Veränderungen kam es erst im 18. Jahrhundert, als die Fürsten von Auersperg Slatiňany durch Heirat erwarben. Aufgrund der Präsenz der Familie Auersperg in Slatiňany von 1746 bis 1942 – also über einen Zeitraum von nahezu 200 Jahren – gilt sie als das bedeutendste Adelsgeschlecht, das mit dem Schloss verbunden ist. Das Schloss diente vor allem als Sommer- und Jagdresidenz, wobei sich die Nutzung seiner einzelnen Bereiche im Laufe der Zeit veränderte.

In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wandelte sich seine Bedeutung mit dem Eintreffen von Franz Joseph von Auersperg (1856–1938). Er betrachtete das Schloss Slatiňany als sein Zuhause und verbrachte hier einen Großteil des Jahres gemeinsam mit seiner Ehefrau Wilhelmine und ihren fünf Kindern. Dies spiegelte sich insbesondere in umfangreichen Modernisierungen wider, die das Schloss zu einem komfortabel ausgestatteten Ort für das Familienleben machten. Es gab Warm- und Kaltwasserleitungen, Zentralheizung, Elektrizität und ein Telefon; das Schloss verfügte außerdem über sieben Badezimmer und zehn Toiletten. All dies trug dazu bei, dass Slatiňany bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs dauerhaft bewohnt blieb.

Franz Joseph von Auersperg gehörte zu den gesellschaftlich höchstgestellten Mitgliedern des Adels, zur sogenannten Aristokratie, mit Zugang zum kaiserlichen Hof, wo er das Amt eines Kammerherrn und Geheimen Rates ausübte. Er zeichnete sich als ausgezeichneter Wirtschaftler, vorbildlicher Vater und Ehemann sowie als leidenschaftlicher Pferdeliebhaber aus. Nach dem Untergang der Monarchie und der Entstehung der Republik bekannte er sich zur tschechoslowakischen Staatsbürgerschaft mit Heimatrecht in Slatiňany, zog sich jedoch – wie viele andere Angehörige des ehemaligen Adels – ins Privatleben zurück. Den Untergang der Monarchie verkraftete er innerlich nur schwer, da er fest in der Monarchie und im katholischen Glauben verwurzelt war und einen Eid zwei für ihn unantastbaren Autoritäten geleistet hatte – Gott und dem Kaiser.

Fürst Auersperg zog sich zunehmend in seine eigene Welt und in die Sicherheit seiner engsten Familie zurück. Im ersten Viertel des 20. Jahrhunderts musste er sich leider mit dem Tod nicht nur seiner geliebten Ehefrau Wilhelmine, geborene Kinsky (1857–1909), sondern auch zweier Kinder – Charlotte (1885–1907) und Vinzenz (1880–1919) – auseinandersetzen. Sein Leben in der Zeit der Ersten Tschechoslowakischen Republik war geteilt zwischen der Verwaltung der Familiengüter, die er in den 1920er Jahren vor der Bodenreform zu schützen versuchte, und dem Familienleben, das vor allem von Besuchen seiner Geschwister, seiner Töchter und Enkelkinder geprägt war.

Kurz nach der Übernahme des Schlosses durch den Staat begann die systematische Verteilung des ursprünglichen Mobiliars an verschiedenste kulturelle Institutionen, darunter das Militärhistorische Museum, das Nationalmuseum, das Náprstek-Museum, das Kunstgewerbemuseum, das Institut für Kunstgeschichte der Akademie der Wissenschaften sowie das Schloss Žleby, das der Nationalen Kulturkommission unterstand. Dank der außergewöhnlichen Autorität des Hochschulprofessors und führenden tschechischen Hippologen František Bílek, der durch die erfolgreiche Regeneration der Rasse der Altkladruber Rappen und insbesondere des Przewalski-Pferdes bekannt wurde, entstand bereits im Jahr 1947 im Schloss Slatiňany das Staatliche Hippologische Museum, das seine Tore für die Öffentlichkeit erstmals am 1. Oktober 1950 öffnete.

Aus baulicher Sicht stand das Schloss in der Nachkriegszeit am Rande des Interesses und größerer Investitionen; einige Gebäudeteile wurden sogar abgerissen. In den 1950er Jahren wurde beispielsweise der entlang des Westflügels errichtete Balkon einschließlich der verglasten Eckloggia entfernt, ebenso wie einziehbare Markisen und Fensterläden. Vom Dach wurden die ursprünglichen roten gebrannten Biberschwanzziegel abgenommen und durch Kupferschindeln ersetzt. Der schrittweise Prozess der Restaurierung des Denkmals wurde zeitweise durch einen Restitutionsstreit unterbrochen, der durch die Forderung von Matthias Trauttmansdorff, dem Sohn des letzten Schlosseigentümers, nach Rückgabe des konfiszierten Eigentums ausgelöst wurde. Der Rechtsstreit dauerte lange vierzehn Jahre und wurde erst 2006 auf eigenen Antrag des Klägers eingestellt. Zu diesem Zeitpunkt war das Schloss bereits zum nationalen Kulturdenkmal erklärt worden und wurde vom Nationalen Denkmalinstitut verwaltet.

In den Jahren 2017–2020 wurde ein großer Teil des Schlossareals aufwendig restauriert.